Международное сотрудничество ФЦКП ФХИ осуществляется в рамках следующих программ:
Совместная программа научных исследований с Национальным Центром Научных Исследований (Франция) «Супрамолекулярные системы в химии и биологии»;
Проекты с фирмой «Шлюмберже» по контролю и тестированию данных полевых ядерно-магнито-резонансных (ЯМР каротаж) исследований скважин нефтяных и газовых месторождений России;
Совместная научно-образовательная программа подготовки аспирантов в области нанофизики и нанотехнологий с Институтом Физических и Химических Исследований (RIKEN, Япония);
Совместная научно-образовательная программа по подготовке магистров в области физических методов исследования наноструктур и новых материалов при низких и сверхнизких температурах с университетом г. Каназава (Япония);
Междисциплинарная программа подготовки магистров в институте «Физика сложных систем» (участники – Казанский федеральный университет и Институт проблем механики и современного материаловедения ISMANS, г. Ле Ман, Франция);
Совместная научно-образовательная программа с университетом г. Гиссен (Германия).