Для реализации магистерской программы Хемоинформатика и молекулярное моделирование» кафедра органической химии располагает высококвалифицированными кадрами: 7 докторов наук, 10 кандидатов химических наук. Непосредственное руководство магистрами осуществляется профессорами, доцентами и преподавателями кафедры органической химии. Научное соруководство магистерскими проектами может осуществляться сотрудниками профильных институтов РАН, других вузов, исследовательскими отделами промышленных и научно-производственных предприятий, а также сотрудниками лаборатории хемоинформатики Страсбургского университета.

Научный руководитель магистерской программы Хемоинформатика и молекулярное моделирование - доктор химических наук, профессор кафедры органической химии, член-корреспондент РАН Антипин Игорь Сергеевич. Научный соруководитель магистерской программы - профессор Страсбургского университета, руководитель лаборатории хемоинформатики Страсбургского университета, автор и руководитель двух магистерских программ: «Хемоинформатика и моделирование» и «Компьютерный дизайн лекарственных препаратов» Александр Варнек.