Die Kasaner Universität ist die einzige Universität in Russland, die eine ganze Reihe von einzigartigen Museen hat.  Entsprechend dem Universitätsstatut wurde 1804 das Kabinett der Naturgeschichte, auch "Naturalkabinett" genannt, eröffnet, das die Grundlage für die heutigen geologische, zoologische und botanische Museum bildet. Das Raritätenkabinett, aus dem sich das ethnographische und das archäologische Museum herausbildeten, wurde 1815 gegründet. Das Museum der Kasaner Chemieschule wurde 1863 zuerst als  Alexander-Butlerow-Gedenkkabinett gegründet

Am Anfang des heutigen Museums für Universitätsgeschichte war die 1948 eröffnete "Memorialzone".

Die Museen der KFU sind international bekannt, und in vielen Katalogen und Nachschlagewerken der Welt kann man Informationen über die Bestände unserer Sammlungen finden. Diese Sammlungen werden von Mitarbeitern der Universität und der Hochschulen der Republik Tatarstan sowie von Gästen der Stadt Kasan für Bildungs-, kulturelle und wissenschaftliche Ziele genutzt.

Die Wissenschaftliche Nikolaj Lobatschewskij-Bibliothek ist ein Juwel der Universität. Sie wurde Ende des 18. Jahrhunderts gegründet. Während ihrer 200-jährigen Geschichte hat die Bibliothek über fünf Millionen Bände, darunter 150000 alte und seltene Einheiten gesammelt. Nach ihrem Bücherbestand zählt sie zu der Liste der zehn größten Bibliotheken in Russland und der drei größten Universitätsbibliotheken Russlands. Bezüglich des Werts und Altertums  bestimmter Bücher oder Handschriftensammlungen sie ist unübertroffen.

Eines der einzigartigen Elemente der Bibliothek ist die Abteilung für Seltene Bücher und Handschriften. Die Sammlung besteht aus alten Schriftrollen aus dem 10. Jahrhundert, einigen von Europas ersten gedruckten Bücher aus dem 15. Jahrhundert (Inkunabeln), Originalausgaben von den ersten in Russland  gedruckten Büchern, altorientalischen seltenen Büchern und Handschriften - ein unschätzbarer Teil des schriftlichen Erbes der Völker der Welt.

Das Edward Ewersmann zoologische Museum entstand auf der Grundlage der einzigartigen Sammlung des Fürsten Potjomkin. In seinen Sammlungen sind das ausgestorbene Zebra Quagga (zur Zeit sind nur 9 Quagga-Scheuchen geblieben), Brückenechse/relikt tuatara, Paradise Birdwing ("Ornithoptera Paradies") usw. eingeschlossen. Das Museum zählt heute über 50 000 Exponate, die die ganze Vielfalt der Tierwelt von den Einzellern bis zu den Primaten veranschaulichen und ist somit eines der größten naturwissenschaftlichen Museen Russlands.

Das ethnographische Museum wurde in der Abteilung für Orientalistik eröffnet. Die in der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts gesammelten Exponate stammten aus der Pazifik-Region, aus der Mongolei, aus Tibet und aus China. Besonderen Wert haben die Gegenstände, die eine Vorstellung über das Leben verschiedener Völker Russlands, insbesondere der Völker Sibiriens und des multinationalen Wolgagebiets vermitteln. Von diesem Standpunkt aus ist das ethnographische Museum der KU das einzige, das den Alltag der Völker des Wolgagebiets beschreibt.

Das Alexander Stuckenberg geologische Museum ist eines der größten und exponatenreichsten naturwissenschaftlichen Universitätsmuseen Russlands. Es wurde 1804 gegründet und heute zählt die Sammlung des geologischen Museums über 150 000 Exponate aus 60 Ländern der Welt, einschließlich der Sammlungen von Meteoriten, Felsgesteinen und fossilen Urpflanzen und -tieren.

Das archäologische Museum wurde 1810 gegründet, als die ersten Münzen und Raritäten erworben wurden. Um die Mitte des 19. Jahrhunderts gab es hier eine der größten Münzsammlungen Europas. Im Hauptsaal sind verschiedene Illustrationen zu allgemeiner Archäologie, Anthropologie, Geschichte des Altertums und des Mittelalters sowie zur Entwicklungsgeschichte der archäologischen Wissenschaft in Kasan ausgestellt.

Das botanische Museum wurde von Karl Fuchs gegründet. Die Grundlage für das neue Museum bildete die Sammlung, die Karl Fuchs 1801 von seiner Ural-Reise mitgebracht hatte. Diese Sammlung wurde mit der Sammlung des Fürsten Potjomkin vereinigt, die 1798 vom russischen Zaren Pawel I. dem Kasaner Gymnasium geschenkt worden war. Etwas später kamen noch die Sammlungen der Priester de Grenadiere (1 500 Exemplare) und Ruperts (6 500 Exemplare) u.a. hinzu.

Das Museum der Kasaner Chemieschule besteht seit 1863 und war als A. Butlerow-Gedenkkabinett gedacht. Es ist das einzige Museum in der ganzen Welt, welches alle Gebiete chemischer Forschungen umfasst. Die Kustoden haben ihr bestes getan, um die aus dem 19. Jahrhundert stammende Innenausstattung aufzubewahren: feine Bücherregale aus Glas, Mahagonischmuckstücke, antiquarische Tische und Stühle. Die Museumsbesucher können hier chemische Originalausstattungen aus dem 19. Jahrhundert sowie die mit Portraits berühmter Chemiker geschmückten Säle bewundern und sich einzigartige chemische Geräte und Proben anschauen.

Das Museum der Geschichte der Kasaner Universität, 1979 eröffnet, befindet sich in der ehemaligen Universitätskirche, einem der bemerkenswertesten Räume des Uni-Hauptgebäudes. Tausende von Exponaten machen die Besucher mit der Geschichte der zweitältesten russischen Universität bekannt, mit Errungenschaften der Kasaner wissenschaftlichen Schulen und den Entdeckungen, die der Kasaner Universität ihren Weltruhm eingebracht haben. Die Gedenkstätte umfasst auch die historischen Aula und den Lenin Gedenkraum des 19. Jahrhunderts  bei der juristischen Fakultät.

Eine Abteilung des Museums, Ewgenij Sawojskij Labor hat wissenschaftliche Instrumente, die im 19. bis 20. Jahrhundert von Physikern verwendet wurden, sowie eine reiche Sammlung von Funkausrüstung des vergangenen Jahrhunderts.